El Observatorio organiza su agenda en torno a siete ejes temáticos, que reflejan las principales líneas de acción del Ministerio. Cada grupo está integrado por representantes de las instituciones participantes, equipos técnicos del MISP, especialistas invitados y referentes sectoriales. Los encuentros, presenciales o virtuales, incluyen exposiciones breves, instancias de intercambio y la construcción de propuestas conjuntas. Los resultados de cada grupo se sistematizan en documentos técnicos que son validados por las y los participantes y elevados a las áreas sustantivas del Ministerio para su análisis e incorporación en las políticas y herramientas institucionales.